Современный Енисейск вырос из деревянного острога тобольских казаков, построенного в начале 17-го века на левом берегу Енисея. Кроме жилых казарм и хозяйственных помещений в пределах деревянной крепости работала таможня, отвечавшая за учет и досмотр переселенческих обозов на пути в Сибирь, а так же купеческих караванов из Азии.
Здесь велась активная торговля ценным мехом, а в 19-м веке близ Енисейска открыли золотые рудники. Доходы от торговли и золотодобычи проросли в архитектурном и культурном облике города, превратив его в крупный уездный центр.
Главной архитектурной жемчужиной Енисейска бесспорно можно назвать Спасо-Преображенский мужской монастырь, заложенный еще в эпоху первого острога (середина 17-го века). Венчает самую высокую точку города, взирая на крыши окрестных домов с высоты отеческого попечения. Пика своей «красоты» достиг к концу 18-го столетия (разгар промысла добычи золота), как и большинство архитектурных шедевров Енисейска. При монастыре действовала школа иконописи, богатейшая библиотека духовной литературы (имелись печатные фолианты Киево-Печерской лавры и Кутейского монастыря 17-го века), духовная семинария (в период с 1780-го по 1856-й год). В начале 19-го века монастырский комплекс пополнился надвратной церковью праведных Захарии и Елизаветы, родителей Иоанна Крестителя. Значительно пострадала от пожара 1869-го года и была восстановлена уже через 6 лет.
На месте деревянной кладбищенской церквушки времен первых поселенцев при остроге в первой половине 18-го века был заложен Спасский собор — яркий представитель сибирского церковного зодчества. Особенностями этого «сибирского барокко» можно назвать пирамидальную форму целостной конструкции, некоторые детали которой явно позаимствованы у зодчих востока и усиленная декоративность фасада, называемая «узорочье».
Иверский (первое название - Рождественский) женский монастырь основан в одно время с мужским Спасо-Преображенским. Здесь отбывали ссылку опальные бояре 17-го века.
Енисейский храм Успения Богородицы строился в несколько этапов и этажей, что нетипично для церковного зодчества России того времени. Во многом повторяет архитектурный стиль Спасо-Преображенского монастыря. К концу 18-го века закончено строительство теплого храма первого этажа. Второй этаж (летний) освятили в честь апостолов Петра и Павла в 1818-ом году. А еще через 7 лет церковь обнесли каменным забором, и к северному фасаду пристроили храм святителя Иннокентия. Богоявленский собор строился силами знаменитой чайкинской артели. Особенность архитектурного ансамбля храма - высокая колокольня со шпилем.
Кроме православных святынь, в Енисейске нашлось место и для мусульманской мечети (Соборная) конца 19-го века. До наших дней сохранилась в первозданном виде.
Практически все енисейские храмы (за исключением мечети) в значительной мере пострадали в годы советской власти. Церкви были закрыты и переоборудованы с демонтажем колоколен и куполов. Монашескую братию частично расстреляли, либо выслали из города. С конца прошлого веска развернулась масштабная реставрационная кампания по возвращению Енисейску его святынь. Восстановление Спасо-Преображенской и Успенской церквей уже закончено. В 2012-ом полностью возродилась монастырская надвратная церковь. С 1998-го года служиться литургия в стенах церкви Иверского монастыря.